TK dan SD Kristen Petra 13 dibangun oleh PPPK Petra pada tahun 1986 di daerah Pondok Tjandra Indah, Sidoarjo, dengan lahan seluas 3.496 m² dan luas bangunan 1.866 m². Bangunan berlantai tiga ini terbagi untuk TK seluas 580 m², dan SD seluas 1.286 m². Berdirinya TK Kristen Petra 13 disahkan oleh Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Kabupaten Sidoarjo pada tanggal 12 Maret 1987, dipimpin oleh Nancy Tantono (1987-1996) sebagai kepala TK, kemudian digantikan oleh Dra. Triphena Kristiani (1996-1998). Oleh karena jumlah murid yang terus bertambah pesat, maka lahan TK sudah tidak lagi bisa menampung jumlah siswa, sehingga pada tahun 1998, atas dukungan penuh para dewan pengurus yang dipimpin oleh Lilia Devi Indrawati, S.H. sebagai Ketua I , TK Kristen Petra 13 berdiri sendiri dan tidak lagi bergabung dengan gedung SD Kristen Petra 13. Hal ini demi meningkatkan mutu pendidikan dan pelayanan kepada anak didik. Gedung TK Kristen Petra 13 menempati lahas seluas + 3.000 m2 dan letaknya bersebelahan dengan gedung SD Kristen Petra 13 dan dipimpin oleh Conny Candra (1998), kemudian digantikan oleh Kimiati Kusumadjaja, S.Pd. (1998 – 2003).

Dilanjutkan oleh Puniwati Trivena, S.Pd., M.Psi. (2003-sekarang), TK Kristen Petra 13 terus berkembang dan berkarya di bidang pendidikan. Maka,  pada tahun 2010, Dewan Pengurus PPPK Petra yang dipimpin oleh dr. Liliek Gondomono sebagai Ketua I membuka Kelompok Bermain PPPK Petra di 3 lokasi, salah satunya adalah Kelompok Bermain di TK Kristen Petra 13 dengan tingkatan: Kelompok Bermain A untuk balita usia 2-3 tahun dan Kelompok Bermain B untuk Balita usia 3-4 tahun. Semua ini dilakukan untuk memenuhi kebutuhan pendidikan anak usia dini yang lebih menekankan pembentukan moral, agama, social emosional, fisik motorik, kognitif, bahasa dan seni lebih dini.